Awalnya KAMMI Daerah Jakarta terpisah menjadi dua bagian yaitu KAMMI Jakarta I dan KAMMI Jakarta II pada periode 1998-2000. Penggabungan ini didasarkan karena perbedaan kebijakan baik di bidang kaderisasi maupun sosial politik di setiap daerah yang berada dalam satu tertorial ini, sehingga menyulitkan pengkaderan KAMMI saat itu. Dari hal tersebut maka KAMMI Pusat membentuk Tim Tujuh yang terdiri dari Ko. Dept Pembinaan Wilayah (Binwil) yang membawahi KAMMI Daerah, perwakilan Badan Pengurus Harian KAMMI Dareah I dan II. Tim ini membahas rekomendasi KAMMI Pusat mengenai penyatuan dua daerah ini. Kemudian pada semester ke dua tahun 2000, tepatnya bulan September diadakanlah Musyawarah Daerah II dengan agenda Laporan Pertanggung Jawaban Ketua dari setiap daerah. Dan kemudian  menetapkan bahwa penyatuan KAMMI Daerah Jakarta I dan II menjadi  yaitu KAMMI Daerah (KAMDA) Jakarta yang tujuannya antara lain adalah untuk lebih mensolidkan barisan da’wah  KAMMI di Jakarta.

Pada periode 2000-2002 ini KAMDA Jakarta di nahkodai oleh Saudara Mohammad Irfan.    Selanjutnya setiap dua tahun sekali yaitu 2002-2004, 2004-2006 dan 2006-2008  KAMMI  Daerah Jakarta dipimpin oleh Saudara Ardy Purnawansani, Arif Sri Sarjono dan muhammad Fikri Aziz. Dan pada periode selanjutnya tahun 2008-2011 KAMMI Daerah Jakarta dipimpin oleh saudara Noval Abuzarr. Kini, tongkat estafet kepemimpinan dilanjutkan oleh Saudara Ni’amu Robby Fie Dhuha (periode 2011-2013) sebagai ketua terpilih dalam Musyawarah Daerah VII KAMMI Daerah Jakarta.

Saat ini ada 7 Komisariat yang bernaung dibawah KAMMI Daerah Jakarta yaitu: Komisariat UNJ yang berbasis Kampus UNJ dan Kampus disekitar daerah rawamangun, Komisariat Uhamka yang berbasis kampus Muhammadiyah didaerah Limau dan Pasar Rebo, Komisariat LIPIA yang berbasis Kampus LIPIA, Komisariat Madani yang berbasis kampus didaerah mampang seperti Paramadina, Sampoerna school, dan Bidakara, Komisariat Al-Hikmah yang berbasis kampus STIU Al-Hikmah Bangka, Komisariat Mabda yang berbasis kampus STIDI Al-Hikmah, dan Komisariat Muamalah yang berbasis kampus didaerah Kuningan seperti Bakrie school. Sebagai organisasi yang berbasis Kader, KAMMI Jakarta telah berhasil merekrut lebih dari 1000 anggota baru setiap tahunnya.